Tem função de avaliar as células da camada mais profunda da córnea, de forma quantitativa e qualitativa. Exame indicado no pré-operatório de cirurgias oculares como a cirurgia de catarata, de glaucoma e transplante de córnea, assim como nos usuários de lentes de contato e nas degenerações e distrofias de córnea.
O principal objetivo da microscopia especular da córnea é analisar as células endoteliais, que formam a camada mais interna da córnea. Essas células são essenciais para manter a clareza e a função óptica da córnea.